GenerateReports

GenerateReports : et les données de séquençage deviennent claires et exploitables

Si les nouvelles technologies de séquençage de l’ADN permettent de toujours mieux caractériser les tumeurs, elles génèrent un grand volume de données qu’il faut tenter d’interpréter.

GenerateReports est une plateforme bioinformatique permettant d’analyser des données brutes de séquençage de nouvelle génération dans un rapport clinique synthétisant de manière claire les principaux résultats du séquençage.
On retrouve ainsi pour chaque échantillon séquencé un rapport dans lequel sont visibles :
– les données d’identification de l’échantillon
– un contrôle qualité à l’échelle du Run
– un contrôle qualité spécifique de l’échantillon
– la liste des variations génétiques détectées et annotées
– les variations du nombre de copies de gène
– les informations de traçabilité expérimentale et de traçabilité bioinformatique.

Une agrégation des données

Toutes les données sont aussi agrégées dans une base de données permettant la consultation rétrospective des résultats à l’échelle :
– d’un projet complet
– d’une cohorte de patients
– d’une expérimentation
– d’un échantillon ou d’un variant.

Des listes de variations peuvent être créées par les biologistes rendant ainsi possible la création de documents, de filtres personnalisés et de certaines analyses automatisées.
La base de données permet aussi le stockage de validations expérimentales externes pour venir confirmer les résultats obtenus par séquençage haut-débit.
Le logiciel autorise l’insertion de données de diverses plateformes de séquençage.

Simplicité et efficacité

Sa conception permet :

  • une interprétation des échantillons au quotidien dans le cadre d’une activité diagnostique
  • une analyse rétrospective des échantillons biologiques dans le cadre de projets de recherche

GenerateReports est avant tout un outil modulaire permettant de créer des chaînes de traitement bioinformatique en fonction de la nature des constructions des librairies de séquençage (panels ciblés, exomes, capture, amplicon…) et des questions biologiques posées (diagnostic/recherche, tumor/ctDNA sequencing …).
Il est une aide à l’accréditation au diagnostic de la technologie de séquençage à haut débit (NGS) en permettant un contrôle fin des versions des pipelines bioinformatiques et de leurs dépendances.

GenerateReports intègre la notion de liste de variants afin de permettre des analyses bioinformatiques personnalisées.

fr_FRFrench