LymphoSign : kit CE/IVD pour la classification des lymphomes non hodgkiniens
Le lymphome non hodgkinien est un type de cancer qui prend naissance dans le système lymphatique, qui fait partie du système immunitaire. Il se caractérise par une croissance anormale des lymphocytes, un type de globules blancs, et peut survenir dans n'importe quelle partie du corps.
Il existe plus de 80 types de lymphomes non hodgkiniens, dont certains sont rares et difficiles à caractériser. Une connaissance précise est devenue un enjeu clé.
De nombreux progrès ont été réalisés depuis l'introduction de la classification de l'OMS en 2001. Cependant, le risque d'erreurs reste plus élevé que dans d'autres pathologies.
Le test LymphoSign offre une classification détaillée de ces lymphomes. Il s'agit d'une méthode de pointe pour évaluer le stade de différenciation des cellules tumorales des lymphomes non hodgkiniens (LNH). En exploitant les niveaux d'expression de l'ARN de plus de 130 marqueurs génétiques pertinents, cette solution fournit des informations précieuses sur la progression de la maladie.
Sous-types de lymphomes non hodgkiniens
Lymphome non hodgkinien de haut grade de type B
- DLBCL ABC
- DLBCL GCB
- DLBCL PMBL
Lymphome non hodgkinien de bas grade de type B
- Lymphome folliculaire (FL)
- Lymphome du manteau (MCL)
- Lymphome de la zone marginale (MZL)
- Lymphome lymphocytique (SLL)
Lymphomes non hodgkiniens de type T
- Lymphome à cellules T angio-immunoblastique (AITL)
- Lymphome anaplasique à grandes cellules ALK positif (ALCL ALK+)
- Lymphome anaplasique à grandes cellules ALK négatif cytotoxique (ALCL ALK- cytotox)
- Lymphome anaplasique à grandes cellules ALK négatif Th2 (ALCL ALK- Th2)
- Leucémie-lymphome T de l’adulte (ATLL)
- Lymphomes à cellules NK/T (NKTCL)
Caractéristiques du test
LymphoSign est un test innovant, précis et fiable pour les anatomopathologistes et les biologistes moléculaires. Ce test permet de caractériser les lymphomes non hodgkiniens (LNH).
Il évalue le degré de différenciation des cellules tumorales en analysant le niveau d’expression de plus de 130 marqueurs génétiques pertinents, basé sur une technologie de PCR dépendante de ligation (RT-MLPSeq).
La simplicité du test permet d’obtenir des résultats en 24 heures à partir de l’ARN tumoral. Le protocole est optimisé pour des échantillons de faible qualité comme les échantillons FFPE.
Grâce à une intelligence artificielle entraînée sur une base de plus de 3 000 cas, la plateforme RT-MIS établit la classification la plus probable parmi 13 sous-types de LNH B et T.
Qu'est-ce que RT-MLPSeq ?Caractéristiques clés du protocole
Préparation des échantillons
- Aucune purification n’est nécessaire avant la préparation de la librairie, minimisant la perte de matériel et maintenant une sensibilité élevée.
- Les séquences génétiques ciblées sont courtes (40-60 bases), garantissant leur résistance à la dégradation de l’ARN.
- Particulièrement adapté à l’analyse d’échantillons biologiques difficiles comme les biopsies de tissus fixés en paraffine.
Séquençage
- 10⁵ séquences par échantillon suffisent pour obtenir des profils d’expression analysables, permettant une analyse à haut débit.
- Les librairies peuvent être chargées simultanément avec d’autres librairies de séquençage, optimisant la rentabilité.
Analyse
- Une fois le séquençage terminé, le fichier FASTQ peut être téléchargé sur la plateforme RT-MIS.
- Après quelques minutes d’analyse, un rapport avec la signature d’expression des différents gènes et une classification prédite par l’IA selon la classification OMS de 2017 est fourni.
Spécifications techniques
| Durée de la manipulation | ≃4 heures |
|---|---|
| Temps de travail effectif | ≃1 à 1h30 |
| Type d’acide nucléique | ARN |
| Quantité d’entrée | Entre 50 et 500 ng d’ARN dans un volume de 2 µl |
| Type de cancer | Lymphomes non hodgkiniens |
| Contenu du kit de réactifs | Sondes ciblant 137 marqueurs, barcodes, amorces de séquençage |
| Méthode | RT-PCR dépendante de ligation |
| Description | Compare les profils d’expression obtenus des gènes, des mutations somatiques ou des translocations chromosomiques avec ceux des principaux types de lymphomes non hodgkiniens. |
| Compatibilité matériel | MiSeq, NextSeq 500, NextSeq 550 Illumina® |
| Type d’échantillons | Biopsies tissulaires à température ambiante, congelées ou fixées et incluses en paraffine |
| Technologie | Séquençage nouvelle génération |
Caractéristiques et avantages clés
Kits disponibles
Ressources
Publications
-
High PDL1/PDL2 gene expression correlates with worse outcome in primary mediastinal large B-cell lymphoma
Vincent Camus et al., Blood Advances, 12 décembre 2023
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Integrative diagnosis of primary cutaneous large B-cell lymphomas supports the relevance of cell of origin profiling
Audrey Gros et al., PLoS One, 22 avril 2022
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Circulating tumor DNA in primary mediastinal large B-cell lymphoma versus classical Hodgkin lymphoma
Vincent Camus et al., Leukemia & Lymphoma, avril 2022
Lire l'article -
Defining signatures of peripheral T-cell lymphoma with a targeted 20-marker gene expression profiling assay
Fanny Drieux et al., Haematologica, juin 2020
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Combining gene expression profiling and machine learning to diagnose B-cell non-Hodgkin lymphoma
Victor Bobée et al., Blood Cancer Journal, 22 mai 2020
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LymphoSign Test-Kit
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