GenerateReports

GenerateReports : Les données de séquençage deviennent claires et exploitables

Si les nouvelles technologies de séquençage de l’ADN permettent de toujours mieux caractériser les tumeurs, elles génèrent un grand volume de données qu’il faut tenter d’interpréter.

GenerateReports est une plateforme bio-informatique permettant d’analyser des données brutes de séquençage de nouvelle génération dans un rapport clinique synthétisant de manière claire les principaux résultats du séquençage.

Sa conception permet :

  • une analyse rétrospective des échantillons biologiques dans le cadre de projets de recherche
  • une interprétation des échantillons au quotidien dans le cadre d’une activité diagnostique

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GenerateReports est avant tout un outil modulaire permettant de créer des chaînes de traitement bio-informatique en fonction de la nature des constructions des librairies de séquençage (panels ciblés, exomes, capture, amplicon, etc.) et des questions biologiques posées (diagnostic/recherche, tumor/ctDNA sequencing, etc.).

Il est une aide à l’accréditation au diagnostic de la technologie de séquençage à haut débit (NGS) en permettant un contrôle fin des versions des pipelines bio-informatiques et de leurs dépendances.

GenerateReports intègre la notion de liste de variants afin de permettre des analyses bio-informatiques personnalisées.

Caractéristiques du Logiciel

Rapport de Séquençage par Échantillon

Pour chaque échantillon séquencé, un rapport détaillé est généré, offrant une vue complète et transparente des résultats obtenus. Ce rapport intègre les éléments suivants :

  • Les données d’identification de l’échantillon
  • Un contrôle qualité à l’échelle du Run
  • Un contrôle qualité spécifique de l’échantillon
  • La liste des variations génétiques détectées et annotées
  • Les variations du nombre de copies de gène
  • Les informations de traçabilité expérimentale et de traçabilité bio-informatique

Schéma fonctionnel GenerateReports

Base de Données

Toutes les données sont aussi agrégées dans une base de données permettant la consultation rétrospective des résultats à l’échelle :

  • d’un échantillon ou d’un variant
  • d’un projet complet
  • d’une cohorte de patients
  • d’une expérimentation

Des listes de variations peuvent être créées par les biologistes rendant ainsi possible la création de documents, de filtres personnalisés et de certaines analyses automatisées.

La base de données permet aussi le stockage de validations expérimentales externes pour venir confirmer les résultats obtenus par séquençage haut-débit.

Le logiciel autorise l’insertion de données de diverses plateformes de séquençage.

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Spécifications Techniques

Compatibilité des librairies QIAseq (QIAGEN)
AmpliSeq (Illumina)
SureSelect (Agilent)
Twist (Twist Biosciences)
Pour d’autres librairies, nous contacter
Type de données séquencées Panels de gènes
Séquençage complet de l’exome (WES)
Séquençage complet du génome (WGS)
Variants détectés Polymorphismes mononucléotidiques (SNPs)
Insertions et délétions (INDEL)
INDEL de taille moyenne (~100b)
Variations du nombre de copies (CNVs) au niveau du panel/exome/génome complet
Compatibilité matériel Séquenceurs Illumina®
Séquenceurs ThermoFisher ION S5
Formats des données supportées Fichier FASTQ
Bases de données utilisées 1000G
ExAC
ESP6500siv2
CG46
Scores de prédiction utilisés ADA_score
RF_score
Score SIFT
Score PolyPhen
LRT
MutationTaster
MutationAssessor
FATHMM
PROVEAN
VEST3
MetaSVM
MetaLR
MCAP
CADD
fathmm_MKL_coding
GERP
Interpro_domain

Résultats Obtenus

Image des résultats GenerateReports

Ressources

Publications Liées à GenerateReports

Références

UMI-VarCal, Sater V, Bioinformatics, 30 janvier 2020, Lire l’article

Un cas récurrent de lymphome de Burkitt génétiquement distinct, Sater V, Leukemia, 14 février 2019, Lire l’article

Mutations somatiques de l’ADN circulant sans cellule, Michel M, Clinical Cancer Research, 1 août 2018, Lire l’article

Surveillance non invasive du lymphome diffus à grandes cellules B, Bohers E, Blood Advances, 14 août 2018, Lire l’article

Pertinence biologique et clinique des altérations génomiques associées, Mareschal S, Oncotarget, 6 décembre 2016, Lire l’article

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