Dans les projets de recherche, il est souvent nécessaire d’obtenir l’expression génique de plusieurs dizaines de marqueurs. Actuellement, l’expression relative ne peut être analysée qu’avec un faible nombre de gènes ou un trop grand nombre de gènes simultanément et selon des protocoles compliqués. De plus, les temps de manipulation sont souvent très longs et les solutions sur le marché sont souvent chères.
La service du CustomPanel de Genexpath
Le service CustomPanel de Genexpath vous permet de sélectionner vos marqueurs d’intérêt de façon simple et rapide. Nous vous fournissons ensuite une solution clé-en-main : un kit pour le test in vitro et une analyse bioinformatique après le séquençage NGS.
Ces panels à façon sont réalisables pour tout type de génome. Nous sommes à votre disposition pour réaliser des panels d’une dizaine jusqu’à une centaine de marqueurs.
Genexpath met à votre disposition une solution efficace et adaptée pour optimiser l’analyse de l’expression génique dans vos projets de recherche.
CustomPanel : Mesure précise de l’expression génique personnalisée
Le service CustomPanel permet de mesurer précisément la signature d’expression des gènes d’intérêt que vous sélectionnez. Basé sur la technologie de PCR dépendante de ligation (RT-MLPSeq), le test offre aux chercheurs une connaissance fine et capitale des données collectées.
Cette solution intégrée vous offre une approche complète, de la sélection des marqueurs à l’analyse des données, facilitant ainsi l’interprétation des résultats pour vos projets de recherche.
Processus CustomPanel
Sélection des marqueurs
Vous choisissez les gènes d’intérêt à analyser.
Conception du panel
Genexpath conçoit un CustomPanel personnalisé adapté aux marqueurs sélectionnés.
Réalisation du test
À réception du kit, vous suivez le protocole clé-en-main pour effectuer l’analyse in vitro.
Analyse des données
Vous chargez le fichier FASTQ issu du séquençage sur notre plateforme RT-MIS qui vous fournit un rapport détaillé contenant les données brutes ainsi que l’expression relative de chacun des marqueurs du panel.
Les points clés du protocole
Test In Vitro
- 4 grandes étapes
- 1/2 journée de manipulation
- Sensible grâce aux sondes courtes
- Adapté aux échantillons FFPE
Séquençage
- Adapté à la technologie Illumina
- Séquençage avec d’autres librairies possibles
- 100 000 reads suffisent par échantillon
Analyses
- Spécificité accrue grâce aux UMI
- Analyse Bioinformatique incluse
- Accès à l’ensemble des données brutes
| Type d’échantillons | Echantillons contenant de l’ARNm que vous souhaitez quantifier |
| Domaine d’application | Expression génique |
| Durée de la manipulation | ≃4h (sans le séquençage) |
| Temps de travail effectif | ≃1h-1h30 (sans le séquençage) |
| Quantité initiale | Entre 50 et 500ng d’ARN dans un volume de 2μL |
| Contenu en réactifs | Sondes ciblant vos marqueurs d’intérêt, barcodes, primer de séquence |
| Compatibilité matériel | Séquenceurs Illumina® |
| Analyse bio-informatique | Accès à la plateforme d’analyses RT-MIS inclus |
| Données accessibles | Un fichier comprenant les données brutes et l’expression relative de chaque marqueur |
Ce que contient le kit :
- Mix de sondes Genexpath selon vos choix
- Barcodes Genexpath
- Les amorces de séquençage
Disponibles en 32 ou 64 analyses
Analyse Bioinformatique :
- Accès à notre plateforme d’analyses RT-MIS inclus
Accéder aux documents CustomPanel
Pourquoi me demande-t-on ces informations ?
En fournissant ces informations, vous acceptez d’être recontacté(e) pour que nous puissions répondre au mieux à vos demandes. ceci nous permet de vous fournir des informations complémentaires personnalisées. Vos données seront supprimées sur simple demande.
Publications liées au CustomPanel
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High PDL1/PDL2 gene expression correlates with worse outcome in primary mediastinal large B-cell lymphoma
Camus et al., Blood Adv 2023
PMID: 37862676
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Integrative diagnosis of primary cutaneous large B-cell lymphomas supports the relevance of cell of origin profiling
PMID: 35452489
-
Circulating tumor DNA in primary mediastinal large B-cell lymphoma versus classical Hodgkin lymphoma
PMID: 35075971
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Defining signatures of peripheral T-cell lymphoma with a targeted 20-marker gene expression profiling assay
PMID: 31488561
-
Combining gene expression profiling and machine learning
PMID: 32444689
Vidéos de formation
Mise en oeuvre du test in vitro RT-MLPSeq pour l’expression relative